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Se evaluó la variabilidad genética del gen de κ-caseína (CASK) en las poblaciones de bovinos criollos de la comunidad campesina Qochapunco, en el distrito de Vinchos, provincia de Huamanga, Región Ayacucho. Se colectaron muestras de sangre de 99 individuos y se extrajo el ADN. Se encontraron tres genotipos de CASK: AA, AB y BB, con frecuencias de 0,15, 0,43 y 0,41, respectivamente. Las frecuencias alélicas para A y B fueron de 0,37 y 0,63, respectivamente. La población se encuentra en equilibrio de Hardy-Weinberg (p>0,05). Los marcadores moleculares para el gen de la κ-caseína pueden ser empleados para proveer información directa y útil que ayude a los criadores en la selección de sus animales donde esta selección no puede realizarse de forma convencional. De esta forma, se fortalece la conservación in situ de estas poblaciones amenazadas por la cruza indiscriminada con razas exóticas que mejoran el volumen de producción de leche en desmedro de su composición proteica, carácter útil en la producción de queso.