El yacón es una planta asterácea originaria de los Andes que en los últimos años ha recibido especial atención por sus propiedades nutricionales y farmacológicas. Sus raíces almacenan fructanos de tipo inulina con bajo grado de polimerización, también llamados fructooligosacáridos (FOS). La pérdida de los FOS en las estructuras reservantes con la consecuente disminución de sus propiedades funcionales están relacionadas directamente con la actividad de la enzima fructanoexohidrolasa (FEH). Las plantas de yacón fueron obtenidas de la estación experimental “Baños del Inca” perteneciente al Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA). Examinando cuatro métodos de extracción de RNA total a partir de las raíces reservantes, se obtuvo un mejor rendimiento y calidad con el método CTAB modificado. El juego de cebadores diseñados y la técnica de RT-PCR generaron fragmentos traslapados del gen feh, así como el extremo 3’ del ARNm. El ensamblaje de los fragmentos permitió determinar cerca del 80 por ciento de la secuencia del gen y la región no codificante del extremo 3’. La construcción del árbol filogenético mostró un alto grado de identidad de la secuencia con las 1-FEHs de: C. intybus (88,5 %), H. tuberosus (88,2 %), V. herbácea (86,5 %) y A. lappa(85 %).