Caracterización bioquímica y filogrupos de Escherichia coli aislados de heces de terneros con diarrea en la región Cajamarca, Perú

Abstract

Esta investigación tuvo por objetivo la caracterización bioquímica y la identificación de filogrupos en cepas de Escherichia coli, de heces de terneros con diarrea, mediante el método de Clermont. Se recogieron treinta y dos muestras de ocho rebaños del caserío Tartar Grande, distrito Baños del Inca, región Cajamarca, Perú. Mediante el crecimiento en agar MacConkey-MUG fueron seleccionadas trece muestras caracterizándose bioquímicamente mediante kit EnteroPluri®-Test e identificadas molecularmente mediante amplificación del gen uidA mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR); se tipificó el filogrupo por PCR cuádruplex de Clermont. Las cepas locales aisladas mostraron un perfil bioquímico fermentadoras de sorbitol y glucosa permitiendo agruparlas e identificarlas en cinco grupos (códigos 71340; 71350; 51340; 61740 y 61340); además se amplificó el gen uidA que codifica la enzima beta-glucuronidasa propias del linaje de E. coli. La identificación del grupo filogenético permitió observar que están agrupadas en el grupo B1 (69,23 %), F (15,38 %), además los grupos A (7,69 %) y D o E (7,69 %) se distribuyen proporcionalmente en todas las muestras analizadas, se logró mediante amplificación de los genes arpA, chuA, yjaA, TspE4.C2. Las cepas locales aisladas de heces de terneros con diarrea representan poblaciones bacterianas naturalizadas y adaptadas al nicho ecológico de Cajamarca, teniendo la ganadería regional como principal fuente de alimentación las pasturas, posiblemente la contaminación de estas se traduce en un importante medio de transmisión en terneros para la presentación de colibacilosis, ya que estas cepas albergan la mayor proporción de genes de virulencia.

The objective of this research was the biochemical characterization and the identification of phylogroups in Escherichia coli strains, from feces of calves with diarrhea, using the Clermont method. Thirty-two samples were collected from eight herds from the Tartar Grande Hamlet, Baños del Inca District, Cajamarca Region, Peru. Through growth on MacConkey-MUG agar, thirteen samples were selected, characterized biochemically using the EnteroPluri®-Test kit and molecularly, the strains were identified by amplification of the uidA gene using the polymerase chain reaction (PCR) technique; the phylogroup was typified by Clermont quadruplex PCR. The isolated local strains showed a sorbitol and glucose fermenting biochemical profile, allowing them to be grouped and identified into five groups (codes 71340; 71350; 51340; 61740 and 61340); In addition, the uidA gene that encodes the beta-glucuronidase enzyme typical of the E. coli lineage was amplified. The identification of the phylogenetic group allowed to observe that they are grouped in group B1 (69.23 %), F (15.38 %), in addition to groups A (7.69 %) and D or E (7.69 %) respectively. It was achieved by amplification of the arpA, chuA, yjaA, TspE4.C2 genes. The local strains isolated from feces of calves with diarrhea represent naturalized bacterial populations adapted to the ecological niche of Cajamarca, having regional livestock as the main source of food for pastures, possibly contamination of these translates into an important means of transmission in calves for the presentation of colibacillosis, since these strains harbor the highest proportion of virulence genes.