Isolation of high-quality total RNA from leaves of myrciaria dubia "camu camu"

Abstract

Myrciaria dubia is a main source of vitamin C for people in the Amazon region. Molecular studies of M. dubia require high-quality total RNA from different tissues. So far, no protocols have been reported for total RNA isolation from leaves of this species. The objective of this research was to develop protocols for extracting high-quality total RNA from leaves of M. dubia. Total RNA was purified following two modified protocols developed for leaves of other species (by Zeng and Yang, and by Reid et al.) and one modified protocol developed for fruits of the studied species (by Silva). Quantity and quality of purified total RNA were assessed by spectrophotometric and electrophoretic analysis. Additionally, quality of total RNA was evaluated with reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). With these three modified protocols we were able to isolate high-quality RNA (A260nm=A280nm > 1.9 and A260nm=A230nm > 2.0). Highest yield was produced with the Zeng and Yang modified protocol (384 46 lg ARN=g fresh weight). Furthermore, electrophoretic analysis showed the integrity of isolated RNA and the absence of DNA. Another proof of the high quality of our purified RNA was the successful cDNA synthesis and amplification of a segment of the M. dubia actin 1 gene. We report three modified protocols for isolation total RNA from leaves of M. dubia. The modified protocols are easy, rapid, low in cost, and effective for high-quality and quantity total RNA isolation suitable for cDNA synthesis and polymerase chain reaction.

Myrciaria dubia es una fuente principal de vitamina C para los habitantes de la región amazónica. Los estudios moleculares de M. dubia requieren ARN total de alta calidad de diferentes tejidos. Hasta el momento, no se han reportado protocolos para el aislamiento de ARN total de hojas de esta especie. El objetivo de esta investigación fue desarrollar protocolos para la extracción de ARN total de alta calidad a partir de hojas de M. dubia. El ARN total se purificó siguiendo dos protocolos modificados desarrollados para hojas de otras especies (por Zeng y Yang, y por Reid et al.) y un protocolo modificado desarrollado para frutos de la especie estudiada (por Silva). La cantidad y la calidad del ARN total purificado se evaluaron mediante análisis espectrofotométrico y electroforético. Además, la calidad del ARN total se evaluó con la reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa (RT-PCR). Con estos tres protocolos modificados pudimos aislar ARN de alta calidad (A260nm=A280nm > 1,9 y A260nm=A230nm > 2,0). El mayor rendimiento se produjo con el protocolo modificado de Zeng y Yang (384 46 lg ARN=g de peso fresco). Además, el análisis electroforético mostró la integridad del ARN aislado y la ausencia de ADN. Otra prueba de la alta calidad de nuestro ARN purificado fue la síntesis exitosa de ADNc y la amplificación de un segmento del gen de la actina 1 de M. dubia. Presentamos tres protocolos modificados para el aislamiento del ARN total de hojas de M. dubia. Los protocolos modificados son fáciles, rápidos, de bajo coste y eficaces para el aislamiento de ARN total de alta calidad y en cantidad adecuada para la síntesis de ADNc y la reacción en cadena de la polimerasa.