Rapid plant DNA and RNA extraction protocol using a bench drill

Abstract

Plant DNA and RNA extraction methods are well established, with a wide range of protocols, depending on the purposes of each laboratory/research. Nowadays, quick, inexpensive and easy plant DNA and RNA extraction methods are highly sought after. We developed an optimized protocol for plant DNA and RNA extraction that uses an inexpensive bench drill and plastic bags and does not require liquid nitrogen. DNA from leaves and RNA from leaves and roots of banana, pineapple, citrus, papaya, passion fruit and cassava, were extracted using a basic cetyltrimethylammonium bromide method. Both nucleic acids were quantified and evaluated for quality based on agarose gel electrophoresis. The DNA and RNA extractions were successful for all species, and RNA quality in pellets was maintained after storage at room temperature for three weeks. This protocol can reduce costs considerably in laboratories with ongoing routine activities of DNA and RNA extraction for genetic diversity and gene expression analyses, where other conventional methods have not been successful due to explant, condition of samples and quantity and quality of nucleic acids. This is especially relevant for many laboratories in developing countries where the cost and availability of liquid nitrogen may be a constraint.

Los métodos de extracción de ADN y ARN vegetal están bien establecidos, con una amplia gama de protocolos, dependiendo de los fines de cada laboratorio/investigación. En la actualidad, se buscan métodos de extracción de ADN y ARN vegetal rápidos, económicos y sencillos. Hemos desarrollado un protocolo optimizado para la extracción de ADN y ARN vegetal que utiliza un taladro de banco barato y bolsas de plástico y no requiere nitrógeno líquido. Se extrajo ADN de hojas y ARN de hojas y raíces de plátano, piña, cítricos, papaya, fruta de la pasión y yuca, utilizando un método básico de bromuro de cetiltrimetilamonio. Ambos ácidos nucleicos se cuantificaron y se evaluó su calidad mediante electroforesis en gel de agarosa. Las extracciones de ADN y ARN fueron satisfactorias para todas las especies, y la calidad del ARN en los pellets se mantuvo tras su almacenamiento a temperatura ambiente durante tres semanas. Este protocolo puede reducir considerablemente los costes en laboratorios con actividades rutinarias en curso de extracción de ADN y ARN para análisis de diversidad genética y expresión génica, en los que otros métodos convencionales no han tenido éxito debido al explante, el estado de las muestras y la cantidad y calidad de los ácidos nucleicos. Esto es especialmente relevante para muchos laboratorios de países en vías de desarrollo, donde el coste y la disponibilidad de nitrógeno líquido pueden ser una limitación.