Characterization of the complete chloroplast genome of a Peruvian landrace of Capsicum chinense Jacq. (Solanaceae), arnaucho chili pepper

Abstract

In this study, we sequenced the first complete chloroplast (cp) genome of a Peruvian chili pepper landrace, “arnacucho” (Capsicum chinense). This cp genome has a 156,931 bp in length with typical quadripartite structure, containing a large single copy (LSC) region (87,325 bp) and a 17,912 bp small single-copy (SSC) region, separated by two inverted repeat (IR) regions (25,847 bp); and the percentage of GC content was 37.71%. Arnaucho chili pepper chloroplast genome possesses 133 genes that consists of 86 protein-coding genes, 37 tRNA, eight rRNA, and two pseudogenes. Phylogenetic analysis revealed that this Peruvian chili pepper landrace is closely related to the undomesticated species C. galapagoense; all belong to the Capsiceae tribe.

En este estudio, secuenciamos el primer genoma completo del cloroplasto (cp) de una variedad autóctona de chile peruana, "arnacucho" (Capsicum chinense). Este genoma del cp tiene una longitud de 156.931 pb con una estructura típica cuatripartita, que contiene una región de copia única grande (LSC) (87.325 pb) y una región de copia única pequeña (SSC) de 17.912 pb, separadas por dos regiones de repetición invertida (IR) (25.847 pb); y el porcentaje de contenido de GC fue del 37,71%. El genoma del cloroplasto del pimiento Arnaucho posee 133 genes que consisten en 86 genes codificadores de proteínas, 37 ARNt, ocho ARNr y dos pseudogenes. El análisis filogenético reveló que esta variedad autóctona de chile peruano está estrechamente relacionada con la especie no domesticada C. galapagoense; todas pertenecen a la tribu Capsiceae.